Valbara kurser
Forskarutbildningsnämnden erbjuder tre återkommande valbara kurser. Skriva, granska och publicera vetenskapliga arbeten, Systematisk översikt och meta-analys: Introduktion till Cochrane-metodologi samt Försökdjursvetenskap.
Kurstillfällen
Hösten 2024
Engelskt kurstillfälle: 21-23/10 + 5/11 (på engelska)
Svenskt kurstillfälle: 18-20/11 + 6/12 (på svenska)
Kursledare
Jan Lexell jan [dot] lexell [at] med [dot] lu [dot] se
Christina Brogårdh christina [dot] brogardh [at] med [dot] lu [dot] se
Målgrupp
Forskningsstudenter vid medicinska fakulteten. Studenter som har gjort sin halvtidskontroll har företräde.
Poäng
1,5 högskolepoäng
Syfte
Kursen syftar till att de forskarstuderande ska fördjupa sina kunskaper och färdigheter i publiceringsprocessen och hur man skriver och granskar ett vetenskapligt manuskript.
Genomförande
Undervisningen sker huvudsakligen genom interaktiva undervisningsmoment. Kursen innehåller föreläsningar, granskning av vetenskapliga artiklar, grupparbeten, diskussioner, praktiska tillämpningar och självstudier. Kursen ges under fem dagar och inleds med tre kursdagar, därefter en dag med eget arbete och avslutas 2 veckor senare med en kursdag.
Course dates
Spring 2025:
Week 21, 19-23 May. Mornings are in class and the afternoons consist of individual work.
Course organizers
Matteo Bruschettini matteo [dot] bruschettini [at] med [dot] lu [dot] se (matteo[dot]bruschettini[at]med[dot]lu[dot]se)
Martin Ringsten martin [dot] ringsten [at] med [dot] lu [dot] se (martin[dot]ringsten[at]med[dot]lu[dot]se)
Examinator
Stefan Hansson stefan [dot] hansson [at] med [dot] lu [dot] se (stefan[dot]hansson[at]med[dot]lu[dot]se)
Target group
The one week course is aimed towards PhD students and researchers at the Faculty of Medicine.
Participation is free for PhD students from European Economic Area (EEA) and Switzerland. Other external participants might require a fee for participation, see more on Cochrane Sweden’s website for this course.
Description
The course is aimed at PhD students and researchers who wants to increase their knowledge about how to conduct a systematic review or evidence synthesis. The course is also relevant for people who will use systematic reviews, evidence synthesis or results from randomized trials to inform decisions in healthcare (clinicians, decision makers, guideline developers, or policy makers).
The course aims to introduce and increase participants knowledge about the Cochrane methodology to systematic reviews with a focus on systematic reviews of interventions. During the week we will go through the process from the initial idea and research question that can be explored in a systematic review, tools to support the systematic review process, risk of bias, meta-analysis, the GRADE-approach to judge uncertainty, best practice reporting of results in reviews, and the use of systematic reviews in guidelines and decision making.
The course will include lecturers and facilitators from several Cochrane Centers, each within their expert area. Lectures will be mixed with discussions and working in groups with exercises in the mornings, and after lunch participants will work individually within the Cochrane Interactive Learning-modules. There will be time to ask individual questions to our lecturers and facilitators about your own potential reviews or other evidence-related questions during the week.
Location
The course will be aimed to be conducted on campus in Lund for all days.
Examination
To pass the course you will need to attend the days in class, have an active participation in discussions and teamwork during these days, and completion of the module 1-8 and quizzes in Cochrane Interactive Learning.
Credits
The course is rewarded with 1,5 ECTS credits (equal to one week full time studies) for enrolled PhD students. All participants will receive a certificate of attendance for the course.
Resources and literature
Cochrane Interactive Learning modules, available from https://training.cochrane.org/interactivelearning
Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions, available for free from https://training.cochrane.org/handbook
Additional articles, books and some pre-course work will be handed out before the course starts.
Registration
You can register through the link in the right hand margin. Chose the correct date of the course. If you are an external participant (outside of Lund University), please clearly state this and your affiliation and professional title in “Other comments”, and try to fill the other information in as good as possible (if not relevant leave blank)
Försöksdjursvetenskap för utförare av djurförsök
Kursansvarig:
Lena Uller (lena [dot] uller [at] med [dot] lu [dot] se (lena[dot]uller[at]med[dot]lu[dot]se)) Docent, Respiratorisk Immunofarmakologi, Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap, Lund
Examinator:
Lena Uller
Målgrupp
Detta är en obligatorisk kurs för doktorander vid Lunds Universitet som avser att arbeta med djur. Du registreras specifikt för de djurslag du avser arbeta med. Inga förkunskaper inom området krävs. Kursen motsvarar FELASA B, men är ännu inte formellt certifierad av Felasa B.
Poäng
3 högskolepoäng för full kurs, 2 poäng om inte den praktiska delen utförs.
Tid & Lokal
Detta är en web-baserad utbildning som finns på Canvas Catalog. Du arbetar på egen hand vid din egen dator.
Kursinnehåll
Kursen är på engelska & innehåller 15 moduler, varvat med självutvärderingar.
- Modul 1: Etik och djuranvändning
- Modul 2: Svensk lagstiftning
- Modul 3: Journalföring
- Modul 4: Identifieringsmetoder
- Modul 5: Avbrytningskriterier
- Modul 6: Biologi
- Modul 7: Etologi
- Modul 8: Hushållning
- Modul 9: Djurvård och övervakning
- Modul 10: Anestesi, analgesi och eutanasi
- Modul 11: Sjukdomar hos försöksdjur
- Modul 12: Försöksdjursmetodik
- Modul 13: Genetiskt Modifierade Organismer
- Modul 14: Alternativa metoder
- Modul 15: Säkerhet på biomedicinska avdelningar
Genomförande
Ungefärlig tid för att avsluta den teoretiska delen är 40 h. De olika modulerna examineras kontinuerligt med självutvärderingar. Efter avklarad teori finns det möjlighet till en praktisk del, där omfattningen påverkas av dina inplanerade aktiviteter inom din forskning. Efter detta erhålls ett certifikat på din kunskap om att arbeta med djur.
Kurslitteratur
All litteratur finns på Canvas Catalog med länkar till hemsidor mm för mer information.
För frågor om kursen, vänligen kontakta djurutbildning [at] med [dot] lu [dot] se (djurutbildning[at]med[dot]lu[dot]se)
Anmälan till kursen: Training in Laboratory Animal Science (Lund University Staff Pages)
Andra valbara kurser erbjuds vid behov och publiceras på hemsidan när de är aktuella. Om du har förslag på en valbar kurs du skulle vilja gå och som du tycker att vi borde ge, går det bra att höra av dig till phdcourses [at] med [dot] lu [dot] se
3 högskolepoäng
Våren 2025, 10 feburari-7 mars
Kursen ges som campuskurs på deltid.
Kurstillfällen
Preliminärt: 10/2, 11/2, 12/2 18/2, 25/2, 26/2 6/3
Antal deltagare: 16
Kursledare
Lina Magnusson Lina [dot] Magnusson [at] med [dot] lu [dot] se (Lina[dot]Magnusson[at]med[dot]lu[dot]se)
Målgrupp
Doktorander som ska genomföra kvalitativa studier inom ramen för sin forskarutbildning vid Medicinska fakulteten, Lunds universitet. Disputerade forskare och doktorander från andra fakulteter eller lärosäten får tillträde till kursen i mån av plats.
Undervisningsspråk
Engelska
Syfte
Att introducera deltagarna till hur man kan tillämpa kvalitativ metodik.
Genomförande
Kursen innehåller föreläsningar, gruppdiskussioner och seminarier. Kursen avslutas med ett seminarium som innehåller en presentation av egen plan och en kamratgranskning av en annan students plan för en kvalitativ studie.
Kursens innehåll
Kursen innehåller studiedesign av kvalitativa studier och olika typer av kvalitativa datainsamlingsmetoder. Kursen fokuserar på vanliga kvalitativa dataanalysmetoder inom medicinsk och hälsovetenskaplig forskning. Tillförlitlighetsaspekter i relation till kvalitativ metodik introduceras och diskuteras i relation till de olika delarna av den kvalitativa forskningsprocessen. Seminarierna och uppgifterna i kursen är utformade för att studenterna ska kunna arbeta med en plan som inkluderar forskningsfråga, datainsamlingsmetod och preliminär analys av pilotintervjuer och/eller fokusgrupps diskussioner som relaterar till studentens eget forskningsområde.
Kursledare:
Patrik Önnerfjord (patrik [dot] onnerfjord [at] med [dot] lu [dot] se (patrik[dot]onnerfjord[at]med[dot]lu[dot]se))
Lotta Happonen (lotta [dot] happonen [at] med [dot] lu [dot] se (lotta[dot]happonen[at]med[dot]lu[dot]se))
Examinator: Prof. Johan Malmström (johan [dot] malmstrom [at] med [dot] lu [dot] se (j)ohan [dot] malmstrom [at] med [dot] lu [dot] se)
Målgrupp: doktorander på medicinska fakulteten
Plats: Kursen ges i huvudsak fysiskt på plats men vissa delmoment digitalt
Tidpunkt: Vecka 49 (2-6 december), vissa självstudier veckan innan kursen (ca 4tim) med viss litteratur samt första delen av individuellt obligatoriskt projektarbete.
Antal deltagare: max 12
Allmänna uppgifter: Målgruppen är doktorander vid Medicinska fakulteten som med denna kurs kommer lära sig grunderna inom biologisk masspektrometri och klinisk proteomik. Kursen ges på heltid för forskarstuderande (valbar kurs) vid medicinska fakulteten i Lund. Den är i mån av plats, även öppen för övriga doktorander, post-docs och andra intressenter vid medicinska fakulteten (såsom kliniska forskare) eller annan fakultet inom LU. Kursen motsvarar en veckas heltidsstudier.
Masspektrometri (MS) är en teknik för att mäta molekylvikten (m/z) och mängd av biomolekyler t.ex. proteiner och peptider. Klinisk proteomik beskriver storskalig analys av proteiner i kliniska prover (vävnad/celler/vätska) och MS-baserad proteomik används flitigt inom life science med tillämpningar som spänner från grundläggande forskningsfrågor till precisionsmedicin, t.ex. identifikation av biomarkörer eller för bakteriell identifiering vid akut sepsis för att välja effektiv läkemedels-behandling och därmed rädda liv.
Undervisningsspråk: Kursen ges på engelska
Syfte: Syftet med kursen är att ge en grundläggande förståelse för biologisk masspektrometri och klinisk proteomik med kunskap om aktuella metoder samt applikationer inom life science. Förvärvade kunskaper kommer sedan appliceras i studenterna egna projekt
Mål för kursen: efter avslutad kurs ska deltagarna kunna
- förklara grundprinciperna för masspektrometri (MS) och proteomik
- förstå hur biologisk MS kan användas i ett vidare perspektiv t.ex. identifiera kritiska sekvenser ”de novo” från okända proteiner och hur MS kan användas för att få fram strukturell information om konformation eller protein-protein interaktioner
- beskriva och föreslå analytiska MS-metoder för olika biologiska frågeställningar – samt diskutera för- och nackdelar med dessa
- delta i vetenskapliga diskussioner angående proteomik och kritiskt granska vetenskapliga resultat
- genomföra enklare analys från MS-data, inklusive identifikation och kvantifiering av proteiner
- planera hur masspektrometri skulle kunna komma till användning inom din egen forskning och möjliggöra experiment som skulle kunna förbättra ditt projekt
Kursinnehåll: Föreläsningar kommer innehålla grunderna inom biologisk masspektrometri och klinisk proteomik såsom principer för identifiering och kvantifiering av proteiner men även inbjudna föreläsare (seniora forskare inom biologisk MS och klinisk proteomik) som kommer att ge exempel på olika applikationer.
Följande delar kommer att behandlas på kursen:
- Introduktion till masspektrometri och klinisk proteomik
- Separationstekniker
- Protein identifikation
- Karakterisering av post-translationella modifikationer (PTMs)
- Kvantitativ proteomik
- Experimentell design
- Tolkning av MS-data, proteomik-verktyg
Kursupplägg: Föreläsningar, gruppövningar (parvis), PBL, instrument-demonstration, rundvandring på D13, datorövningar
Examination: För godkänt på kursen krävs, förutom godkänd inlämningsuppgift och två muntliga presentationer, aktivt deltagande på kursens samtliga moment.
Betyg: Godkänd eller underkänd
Förkunskapskrav: Inga förkunskaper krävs. Antagna till forskarutbildning på medicinska fakulteten har företräde.
Litteratur: Utvalda vetenskapliga artiklar och övrigt utbildningsmaterial kommer att delges innan och under kursen.
Kursledare
Karin Engström (karin [dot] engstrom [at] med [dot] lu [dot] se)
Examinator
Helena Persson
Målgrupp:
Doktorander på medicinska fakulteten. Kursen är i mån av plats även öppen för övriga sökande med anknytning till fakulteten, såsom disputerade forskare.
Omfattning
En vecka (1.5 ECTS credits). Fem dagar är schemalagda. Självstudier ingår.
Lokal
BMC E11073 Rådslaget
Datum
Vecka 38 2024 (16-20 September). Måndag till torsdag 9-16. Den sista dagen är närvaro på plats inte obligatorisk.
Antal deltagare
24
Språk
Engelska
Syfte
Syftet med kursen är att ge en grundläggande kunskap i programmeringsspråket R för att underlätta en självständig framtida användning av verktyg skrivna och/eller implementerade på detta språk, såsom exempelvis statistiska analyspaket. Kursens fokus ligger på hantering av data (som att t.ex. importera, sammanfatta information och ändra kolumner i tabeller) och visualisering (som att t.ex. att skapa olika typer av diagram).
Mål för kursen
Efter genomgången kurs ska deltagarna kunna:
o Utföra grundläggande hantering av data med hjälp av R
o Identifiera potentiella fallgropar vid hantering av data med R
o Skapa grundläggande och visuellt tilltalande diagram med R
o Identifiera online-resurser för att självständigt svara på frågor och utföra felsökning vid programmering i R
Kursinnehåll
Kursen ger en introduktion till grundläggande termer och koncept inom programmering. Deltagarna kommer att få kunskap i bl.a. hur man importerar data till RStudio/Posit,
sammanfattar data, skapar ny data, gör korsreferenser, sammanfogar data, väljer lämpliga grafiskt tilltalande diagram i olika format, och exporterar data och diagram i olika format. Vi kommer att fokusera på paket som ingår i programpaketet tidyverse.
Kursupplägg
Kursen kommer att ha en föruppgift där deltagarna ska installera RStudio/Posit och bedriva självstudier inom grundläggande programmeringskoncept och terminologi enligt litteraturlistan. Tillgång till bärbar dator förutsätts. Kursen består av fyra obligatoriska heldagar med en blandning av olika undervisningsformer såsom föreläsningar, programmeringsdemonstrationer och individuella övningar. På kursens sista dag kommer eleverna att arbeta med examinationen och lärare kommer att finnas tillgängliga under dagen. Deltagande på plats krävs inte för kursens sista dag. Deltagare som av någon anledning inte kan delta i de obligatoriska föreläsningarna har möjlighet att arbeta på de angivna övningarna på egen hand och kontakta lärare under de schemalagd tid.
Examination
Examinationen består av uppgifter som ska lösas med hjälp av programmering i R. Programmerings-skript som används för att svara på frågorna ska skickas till lärarna för utvärdering.
Betyg
Godkänd eller Underkänd.
Förkunskapskrav
Sökande som är antagna till antagen till forskarutbildning på Lunds universitet kommer att prioriteras. Andra sökande anslutna till Medicinska fakulteten kan antas om det finns lediga platser.
Litteratur
Deltagarna får en text om grundläggande programmeringskoncept och termer en vecka före kursstart. Under kursen kommer texter som innehåller förklaringar av kommandon och övningar att delas
3 hp (halvfart)
Datum: 4–29 november 2024
Kursmål och syfte: Kursen ger deltagarna ingående kunskaper om flera metoder för regressionsanalys och hur dessa kan användas inom medicinsk forskning.
Kursen innehåller följande teman:
- Introduktion till teori och metod för regressionsanalys
- Linjär regression för kontinuerliga utfall: analys, diagnostik och robusta metoder. Variansanalys (ANOVA).
- Logistisk regression för binära utfall: analys, tolkning och diagnostik. Prediktion av utfallssannolikheter och transformation av parameterskattningar till riskkvoter och riskdifferenser.
- Ordinal och multinomial logistisk regression för kategoriska utfall: analys, tolkning och diagnostik. Prediktion av utfallssannolikheter.
- Poissonregression och andra metoder för räknedata: analys, tolkning och diagnostik. Prediktion av utfallssannolikheter.
Schema:
Måndag 4 november: Individuella förberedelser, såsom att lära sig grundläggande Stata-kommandon. (Deltagarna kan välja mellan statistikprogrammen Stata och R.) En introduktion till grundläggande Stata-kommandon kommer att skickas ut.
Tisdag 5 november: Föreläsningar och övningar 9–16
Torsdag 7 november: Föreläsningar och övningar 9–16
Tisdag 12 november: Föreläsningar och övningar 9–16
Torsdag 14 november: Föreläsningar och övningar 9–16
Måndag 18 november: Föreläsningar och övningar 9–16
Tisdag 19 november – torsdag 21 november: Projektarbeten i grupp (förväntad tid att lägga ner: 2 dagar)
Fredag 22 november: Projektpresentationer 9–12
Måndag 25 november – fredag 29 november: Hemtentamen (förväntad tid att lägga ner: 1–2 dagar)
Lärare:
Anton Nilsson, docent, fil. dr., Institutionen för laboratoriemedicin, Lunds universitet (anton [dot] nilsson [at] med [dot] lu [dot] se (anton[dot]nilsson[at]med[dot]lu[dot]se))
Pär-Ola Bendahl, docent, fil. dr., Institutionen för kliniska vetenskaper Lund, Lunds universitet (par-ola [dot] bendahl [at] med [dot] lu [dot] se (par-ola[dot]bendahl[at]med[dot]lu[dot]se))
Sara Ekberg, fil. dr., Red Door Analytics (sara [at] reddooranalytics [dot] se)
Examinator:
Jonas Björk, professor, fil. dr., Institutionen för laboratoriemedicin, Lunds universitet (Jonas [dot] Bjork [at] med [dot] lu [dot] se (jonas[dot]bjork[at]med[dot]lu[dot]se))
Språk: Engelska
Målgrupp: Doktorander i medicin. Deltagare ska ha genomgått Tillämpad statistik I och II eller motsvarande med godkänt resultat.
Antal deltagare: 20
Plats: Lund
Litteratur:
- Vach, W. Regression models as a tool in medical research. CRC Press, 1st ed., 2013. (Tillgänglig som e-bok vid Lunds universitetsbibliotek.)
- Ytterligare material som kommer att göras tillgängligt för deltagarna.
Maximalt 15 deltagare.
Datum: 2:e till 18:e oktober, 2024.
Kurskoordinatorer: Fredrik Ek (fredrik [dot] ek [at] med [dot] lu [dot] se) och Marcus Järås (marcus [dot] jaras [at] med [dot] lu [dot] se)
- Aktivitetsbalans vid hälsa, ohälsa och sjukdom
- Att samla och använda biobanksprover inom forskning
- Applied Epidemiology and statistics III: Causal inference with non-randomized data (samarbete med GU - apply here for this course)
- Approaches to handling of missing data (samarbete med GU - online course)
- Basic Data Handling and Visualization with R
- Clinical proteomics and biological mass spectrometry
- Complex interventions in health care with a special focus on the care of adults and older persons
- Diabetes research
- Drug development and clinical trials
- Epidemiology I - Introduction to Epidemiology
- Flödescytometri, Introduktionskurs
- Flödescytometri, Fortsättningskurs
- Glycobiology
- Health and Environment with special focus on climate change and sustainability
- Introduction to programming
- MAX IV/ESS-based imaging for medical and biomedical research, experimental setup
- Medicinsk bioinformatik, introduktionskurs
- Neutron scattering for medical and biomedical research, experimental part.
- Perspektiv på genus och intersektionalitet i medicinsk och hälsovetenskaplig forskning
- Preklinisk avbildning
- Tillämpad epidemiologi och statistik III: Kausal inferens med icke-randomiserad data
- Tillämpad kvalitativ metod II
- Tillämpad statistik III - Statistiska metoder för upprepade mätningar
- Tillämpad statistik III- Tidsserieanalys i klinisk epidemiologi och miljöepidemiologi
- Tillämpad statistik III - Överlevnadsanalys
- X-ray micro- and nanoimaging for medical and biomedical research, experimental part
Kontakt
phdcourses [at] med [dot] lu [dot] se
Ansökningsformulär
Ansök här
Kurser inom COMPUTE
Mer information på forskarskolans webbplats.
Kurser i Life Science
Läs mer på webbplatsen för Center for Molecular Protein Science (CMPS).
Courses within the Research School Agenda 2030
Mer information på forskarskolans webbplats.